La isla de Ibo es uno de los más antiguos asentamientos en Mozambique, su historia se remonta al menos al siglo XVI. Los comerciantes árabes ya habían empezado al rededor del año 600 la trata de esclavos y el comercio de oro y marfil con los habitantes de la zona y sus alrededores.
En 1498 Vasco de Gama llegó por primera vez a las Quirimbas y en 1522 los portugueses atacaron las islas destruyendo las fortificaciones.
Alrededor de 1590 los portugueses habían anexado siete de las nueve grandes islas, mientras que sólo dos seguían siendo gobernadas por los musulmanes: la Isla de Ibo comercializaban principalmente ámbar, marfil y conchas de tortugas.

Vasco de Gama observó que Ibo era el principal asentamiento de reservas de agua dulce natural por las numerosas precipitaciones anuales. Esto permitió aumentar el número de vacas, cerdos y cabras en la isla. Varios productos agrícolos se exportaban y también la misma Ilha de Mozambique fue proporcionada por Ibo. A mediados del siglo XVII, el archipiélago fue gobernado por dos familias principales "mzungu" (blanco) - Morúes y Meneses - y la isla de Ibo se convirtió en el centro comercial de todas las demás islas.
A finales del siglo XVIII, los colonialistas portugueses construyeron el fuerte de San Juan, que todavía se conserva, y la ciudad se desarrolló como un puerto para el comercio de esclavos, impulsado por la demanda de los franceses de mano de obra barata.
Ibo se convirtió así en el segundo puesto más importante en la región después de la Isla de Mozambique.

La fortaleza de São João Batista (San Juan Bautista) se completó en 1791. La pequeña capilla alojada dentro de la fortaleza fue construida en 1795, seguido de un fuerte de Santo Antonio (San António) y el fuerte de Bairro Rituto en 1847, que sigue en pie hoy para hacer la forma triangular de la ciudad vieja.
A lo largo de los siglos XVIII y XIX el pueblo de Ibo y las regiones adyacentes fueron constantemente atacadas por las fuerzas holandesas y malgaches. 

En 1897, Ibo se integró en la administración de la Compañía de Niassa, y a partir de ese momento la isla y la población local comenzaron a disfrutar de una relativa paz y seguridad.

En 1902, la capital del distrito de Cabo Delgado fue trasladada desde la isla de Ibo hasta Porto Amelia, rebautizada después de la independencia del país con el nombre de Pemba, que aún hoy sigue siendo la capital. Éste fue el comienzo del declive del comercio de Ibo, que poco a poco se mudó a Pemba, una ciudad que ofrecía una bahía y un puerto más profundos. Posteriormente la guerra civil dio el golpe final a Ibo y todos los ejemplos de la arquitectura portuguesa del siglo XIX y XX comenzaran a degradarse lentamente, mientras que Ibo se iba convirtiendo en una ciudad fantasma.

En 2002, se creó el Parque Nacional de Quirimbas y con él Ibo despertó de una larga hibernación y finalmente abrió sus puertas al turismo. Esto dio un nuevo impulso a la economía local y a la conservación, preservación y restauración del legado existente y de su fascinante historia.
Hoy en día la isla de Ibo, gracias a su rica historia y arquitectura imperial maravillosamente conservadas, gracias a la singularidad de su arte local, de sus paisajes y puestas del sol espectaculares, es candidata a la nominación de Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO